淡水生态与生物技术国家重点实验室1984年筹建，1989年建成并向境内外开放；1996年、2001年和2006年连续三次被评为优秀类国家重点实验室。现任（第五届）主任为桂建芳研究员，学术委员会主任为朱作言院士。设有湖泊生态学、渔业生态学、水质管理与生态毒理学、鱼类基因工程、鱼类细胞工程和藻类生物技术6个学科组。学术方向和科技目标是探讨环境因子和人类活动对淡水生态系统的结构与功能的影响，揭示水体污染的机制、危害并提出防治对策,为淡水资源的保护和持续利用提供理论基础；开发生物技术，致力于与渔业和环境生物技术相关的遗传学、发育生物学和生物信息学研究，探讨建立新型、高效、健康的养殖模式，为水环境保护和渔业可持续发展提供理论和技术支撑。实验室坚持“开放、流动、联合、竞争”的运行机制，资助和接受境内外具有博士学位的青年科学家来室开展与实验室研究方向相近的研究课题。
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