长江中下游指宜昌至长江口之间的江段，全长约1900公里，鄱阳湖湖口以上为中游，以下为下游。长江中下游湖泊众多，均为泛滥平原冲击型湖泊。在自然状态下，这些湖泊与长江干流保持长期或季节性连通，形成江湖复合生态系统，并孕育着以四大家鱼（青、草、鲢、鳙）为代表的江湖洄游性鱼类。它们在湖泊中摄食和育肥，性成熟时进入长江干流产卵，仔稚鱼又随汛期江水或主动游泳入湖，摄食、长大。在长江干流的洲滩、河曲也是适合鱼类栖息生长的环境。汛期洪水和达到适当的水温是诱导鱼类繁殖的必备条件。
上世纪60-70年代实施的围湖造田以及长期实施的堤防工程，使长江中下游大部分湖泊与长江发生阻隔，目前仅存洞庭湖和鄱阳湖两个大型湖泊保持与长江自然连通。洪湖、梁子湖等湖泊通过节制闸调控，在汛期采取“灌江纳苗”措施把鱼苗引入湖中。
在宜昌江段，葛洲坝和三峡大坝均位于此。2003年，三峡水库蓄水运行，显著改变了长江中游的水文节律以及水温、泥沙含量等理化特征。水库蓄水防洪改变了干流水位、流速；水库高坝蓄水、下层泄水，导致干流水温降低，离大坝越近这一效应越明显；两级水库对砂石的沉落淤积作用导致泥沙减少、清水下泄。砂石来量下降，使原有的砂石补充失去平衡，导致河岸沙滩大片被冲走，江水贴岸淘刷、河床增深，植被丧失，破坏了适合鱼类栖息摄食的环境。这些环境条件的改变必然对长江鱼类的繁殖造成影响。
在长江中下游的仔鱼采样位置
鱼类早期资源（包括鱼卵、仔鱼和稚鱼）的分布和动态能反映繁殖群体的资源状况，并为确定产卵场和育幼场等关键栖息地提供重要参考。掌握长江中下游鱼类早期资源的分布和动态，明确三峡大坝对坝下鱼类产卵繁殖的影响特点，以及洞庭湖和鄱阳湖在鱼类种群补充过程中的作用，对长江中下游鱼类资源和生态系统保护具有至关重要的作用。为此，我们于2012年和2013年对长江中游的监利、洪湖和武穴三个江段，和长江下游的安庆、南京和靖江三个江段，周年逐月采集鱼类早期资源，研究了鱼类早期资源的分布和时间动态、摄食与生长。
采用DNA分子特征与形态观察相结合的方法，我们共鉴定仔鱼74种。其中贝氏？是各江段最优势的种类，占总量的60%以上，而四大家鱼在各江段的比例已经很低，不超过3%。由于三峡水库蓄水导致水文流态改变、水温降低、洲滩栖息环境消失，影响到鱼类的摄食、生长和性腺发育，鱼类的繁殖季节推迟，仔鱼密度降低，而随着离大坝距离的增加以及下游主要支流和水系的加入，大坝低温清水下泄的效应逐渐减弱。在中游三个江段，监利段仔鱼的密度最低、洪湖次之、武穴最高；仔鱼发生的高峰期，监利江段出现在7月中旬、洪湖江段在6月中旬，武穴江段在5月下旬；四大家鱼仔鱼在监利江段的空肠率达80%、洪湖63%、武穴24%；四大家鱼仔鱼的生长在监利最慢，洪湖次之，武穴最高。三个江段中，监利离三峡大坝最近，仔鱼的密度最低、发生的时间最迟、摄食和生长状况最差；洪湖和武穴江段仔鱼的密度逐渐增高、发生时间提前、摄食和生长状况转好，表明大坝的影响逐步缓解和恢复。
长江中下游各江段仔鱼的分布密度
安庆江段仔鱼的密度显著高于其它所有江段，该江段在鄱阳湖湖口下段，鄱阳湖与长江保持自然连通，为鱼类提供了优良的摄食和育幼场。繁殖季节，大量的性成熟个体从鄱阳湖进入长江繁殖，因而出现了鄱阳湖湖口以下的安庆江段仔鱼密度最高的现象。洞庭湖也与长江自然连通，但为什么洞庭湖以下的洪湖江段没有出现高密度的仔鱼呢？历史上洞庭湖湖口（城陵矶）至宜昌江段是四大家鱼产卵场最主要的分布区域，卵苗量约占全长江的43%，体现洞庭湖与长江连通在鱼类繁殖方面的显著价值。但是，三峡水库蓄水运行后的生态效应显著降低了这一江段鱼类产卵繁殖的适宜度，是这一江段仔鱼发生量不高的主要原因。
长江中下游各江段仔鱼发生的高峰期
安庆江段极高的仔鱼密度证明了鄱阳湖与长江自然连通对鱼类产卵繁殖和种群成功补充的显著价值。虽然洞庭湖也与长江保持自然连通，其对长江鱼类繁殖的价值已显著降低，甚至没有明显的体现，这更加突出了鄱阳湖与长江保持连通的重要性。长江江豚在鄱阳湖湖口上下江段的分布密度最高，从另一个方面说明了鄱阳湖与长江连通的重要功能。因此，鄱阳湖与长江自然连通形成的江湖复合生态系统，对长江中下游生物多样性和生态系统健康维持的作用显著，具有唯一性，不可替代，应该优先、重点保护。
此外，我们的研究结果还对洪湖、梁子湖等湖泊实施灌江纳苗具有参考价值。在三峡水库蓄水运行后，长江中游不同江段鱼苗发生的高峰期出现了不同的变化，因此灌江纳苗的实施时间也应依各江段鱼苗发生的时间进行调整，这样才能取得理想的效果。
