蚯蚓在调节土壤生态过程方面起着关键作用，其肠道能够过滤土壤中的微生物和抗生素抗性基因（ARGs）。然而，蚯蚓肠道ARGs的大尺度空间分布模式及其主要驱动因素仍然不清楚。
基于此，中国科学院城市环境研究所朱永官院士团队区域土壤环境与生物污染研究组系统收集了中国典型农田和森林生态系统中的蚯蚓和土壤样本，使用宏基因组学分析了ARGs多样性和丰度。研究发现，蚯蚓肠道中ARGs多样性与丰度低于土壤且距离衰减效应强于土壤。森林系统的蚯蚓肠道中同一contigs上ARGs和可移动遗传元件（MGEs）之间的共现频率低于农田系统。蚯蚓肠道中病毒多样性高于土壤且与细菌多样性呈负相关，链霉菌和假单胞菌等细菌同时是病毒和ARGs的潜在宿主。我们的结果显示了蚯蚓肠道中病毒对携带ARGs细菌的裂解作用而不是其对ARGs的转导作用占主导且病毒与ARGs丰度呈负相关，这暗示了病毒可能通过裂解携带ARGs的细菌降低蚯蚓肠道的耐药组。这些发现为蚯蚓肠道中ARGs的变化提供了新见解，并突出了病毒在土壤生态系统中调控ARGs的重要作用。
研究成果以Viral communities suppress the earthworm gut antibiotic resistome by lysing bacteria on a national scale为题发表于环境科学著名期刊Environmental Science & Technology上。中国科学院城市环境研究所杜帅助理研究员和澳大利亚墨尔本大学毕丽博士研究生为共同第一作者，中国科学院城市环境研究所朱冬研究员和上海市农业科学院郑宪清副研究员为共同通讯作者。英国詹姆斯赫顿研究所Roy Neilson教授指导了本项工作，中国科学院城市环境研究所林达博士研究生参与了本项工作。本研究受到了中国科学院战略性先导科技专项、国家自然科学基金委员会和中国科学院青年创新促进会等资助。
